Aan de commissie werd de zorg voor het inenten en het toezicht op de geregelde gang van zaken in het inentingsbureau opgedragen. De commissie bestond uit drie personen: twee benoemd door de leden van de Maatschappij die niet zelf lid van de Maatschappij hoefden te zijn en de voorzitter die wel per se lid van de Maatschappij moest zijn.
Toen in 1858 de Dordtse afdeling van bovengenoemde maatschappij ophield te bestaan, nam de gemeente het inentingsgebeuren over. Zij richtte een gemeente-instelling op, Bureau voor de Vaccinatie genaamd, als rechtsopvolger van de Commissie voor Vaccinatie uit 1854 en stelde voor het functioneren van deze instelling een verordening vast.
Het bestuur diende jaarlijks een begroting, jaarrekening en verslag van de werkzaamheden van de instelling in bij de gemeente.
Er werden – in ieder geval vanaf 1910 - elke drie woensdagen van de maand zittingen gehouden, met uitzondering van augustus en december. Op de eerste woensdag werd ingeënt, op de tweede woensdag werd nagekeken of er verschijnselen van pokken aanwezig waren en zo nodig gerevaccineerd en op de derde woensdag werden de vaccinatieverklaringen afgegeven. Bij deze zittingen waren, naast de bestuurssecretaris, steeds twee plaatselijke medici aanwezig.
De verordening uit 1858 is in de jaren erna diverse keren gewijzigd en opnieuw vastgesteld, zonder dat dit wezenlijke veranderingen heeft aangebracht in het functioneren van de instelling en haar bestuur.
In 1923 echter nam de gemeenteraad enkele noodzakelijk geachte bezuinigingsmaatregelen, waarbij het Bureau voor Vaccinatie niet buiten schot bleef. De directeur van de Gemeentelijke Geneeskundige en Gezondheidsdienst werd ambtelijk secretaris van het bestuur van de instelling en de hulpdiensten werden opgedragen aan het personeel van de GG&GD. Daarnaast zouden de ingrediënten voor de vaccinatie voortaan worden betrokken van de apotheek van het Gemeenteziekenhuis.